حضرت امام جعفر صادق(ع) به اعتراف تمامی فرق اسلامی، اندیشمندان و پژوهشگران پیشتاز و پیشگام بسیاری از علوم عقلی و نقلی بوده، پس از 34 سال امامت در 25 شوال 148 هجری به دست خلیفه ی عباسی، منصور دوانیقی مسموم و در مدینه به شهادت رسید.

امام ششم شیعیان، در هفدهم ربیع الاول سال ۸۳ هجری قمری در مدینه چشم به جهان گشود؛ پدرش امام محمد باقر(ع) و مادرش «ام فروه» بودند. در سال ۱۱۴ هجری در سن ۳۱ سالگی به امامت رسیدند؛ دوران امامت او مصادف بود با اواخر حکومت امویان که در سال ۱۳۳ قمری به عمر آن پایان داده شد و اوایل حکومت عباسیان که از این تاریخ آغاز شد.
کنیه آن حضرت 'ابو عبدالله ' و لقبش 'صادق ' است. حضرت صادق تا سن دوازده سالگی معاصر جد گرامیش حضرت سجاد بود و مسلماً تربیت اولیه او تحت نظر آن بزرگوار صورت گرفته و امام (ع ) از خرمن دانش جدش خوشه چینی کرده است.
پس از رحلت امام چهارم مدت 19 سال نیز در خدمت پدر بزرگوارش امام محمد باقر (ع) زندگی کرد و با این ترتیب 31 سال از دوران عمر خود را در خدمت جد و پدر بزرگوار خود که هر یک از آنان در زمان خویش حجت خدا بودند و از مبدأ فیض کسب نور می نمودند، گذراند.
پس از درگذشت پدر بزرگوارش 34 سال نیز دوره امامت او بود که در این مدت 'مکتب جعفری ' را پایه ریزی فرمود و موجب بازسازی و زنده نگه داشتن شریعت محمدی (ص ) شد.
زندگی پربار امام جعفر صادق (ع) مصادف بود با خلافت پنج نفر از بنی امیه (هشام بن عبدالملک - ولید بن یزید - یزید بن ولید - ابراهیم بن ولید - مروان حمار) که هر یک به نحوی موجب تألم و تأثر و کدورت روح بلند امام معصوم (ع ) را فراهم می کرده اند و دو نفر از خلفای عباسی (سفاح و منصور) نیز در زمان امام (ع ) مسند خلافت را تصاحب کردند و نشان دادند که در بیداد و ستم بر امویان پیشی گرفته اند؛ چنانکه امام صادق (ع ) در 10 سال آخر عمر شریفش در ناامنی و ناراحتی بیشتری بسر می برد.
امام جعفر صادق (ع) به اعتراف تمام فرقه های اسلامی، پژوهشگران و اندیشمندان در بسیاری از علوم، از کلام و اعتقادات گرفته تا فقه و تفسیر و مسائل اخلاقی، پیشگام و پیشتاز بود؛ تا آنجا که چهار هزار نفر از خزائن علوم آن حضرت خوشه چینی کردند.
عصر امام صادق (ع ) یکی از طوفانی ترین ادوار تاریخ اسلام است که از یک سو اغتشاش ها و انقلاب های پیاپی گروههای مختلف ، بویژه از طرف خونخواهان امام حسین (ع ) رخ می داد، که انقلاب 'ابو سلمه ' در کوفه و 'ابو مسلم ' در خراسان و ایران از مهمترین آنها بوده است.
دوره انتقال حکومت هزار ماهه بنی امیه به بنی عباس طوفانی ترین و پر هرج و مرج ترین دورانی بود که زندگی امام صادق (ع ) را فراگرفته بود.
از دیگر سو عصر آن حضرت، عصر برخورد مکتب ها و ایده ئولوژی ها و عصر تضاد افکار فلسفی و کلامی مختلف بود که از برخورد ملت های اسلام با مردم کشورهای فتح شده و نیز روابط مراکز اسلامی با دنیای خارج ، به وجود آمده و در مسلمانان نیز شور و هیجانی برای فهمیدن و پژوهش پدید آورده بود.
از سوی دیگر از نظر فکری و فرهنگی عصر امام جعفر صادق(ع)، عصر جنبش فکری و فرهنگی بود. در آن زمان، شور و شوق علمی بی سابقه ای در جامعه اسلامی به وجود آمده بود و علوم مختلفی اعم از علوم اسلامی همچون علم قرائت قرآن، علم تفسیر، علم حدیث علم فقه، علم کلام و یا علوم بشری مانند طب، فلسفه، نجوم ریاضیات و... پدید آمده بود؛ به طوری که هر کس که یک متاع فکری داشت به بازار علم و دانش عرضه می کرد.
بنابراین پرسش های علمی عجیبی به وجود آمد که لازم بود امام به آن پاسخ گوید؛ از طرفی امام با توجه به فرصت مناسب سیاسی که به وجود آمده بود و با ملاحظه نیاز شدید جامعه و آمادگی زمینه اجتماعی، دنباله نهضت علمی و فرهنگی پدرش امام محمدباقر(ع) را گرفت و حوزه وسیع علمی و دانشگاه بزرگی به وجود آورد.
در رشته های مختلف علوم عقلی و نقلی آن روز، شاگردان بزرگ و برجسته ای همچون هشام بن حکم، محمدبن مسلم، ابان بن تغلب، هشام بن سالم، مومن طاق، مفضل بن عمر، جابربن حیان و... را تربیت کرد که تعداد آنها را بالغ بر چهار هزار نفر نوشته اند و هر یک از این شاگردان شخصیت های بزرگ علمی و چهره های درخشانی بودند که خدمات بزرگی انجام دادند.
هر یک از شاگردان امام، شخصیت های بزرگ عصر و چهره های درخشانی بودند که خدمات بزرگی انجام دادند. گروهی از آنان دارای آثار علمی و شاگردان متعددی بودند.
به عنوان نمونه «هشام بن حکم»، ۳۱ جلد کتاب نوشته و «جابربن حیان» نیز بیش از ۲۰۰ جلد در زمینه علوم گوناگون به خصوص رشته های عقلی، طبیعی و شیمی (که آن روز کیمیا نامیده می شد) تصنیف کرد که به همین خاطر به عنوان پدر علم شیمی مشهور شده است. کتاب های جابربن حیان به زبان های گوناگون اروپایی در قرون وسطی ترجمه شد و نویسندگان تاریخ، همگی از او به بزرگی یاد می کنند.
مناقب آن حضرت بسیار است چنان که مالک بن انس امام مشهور اهل سنت می گوید که: «بهتر از جعفر بن محمد، هیچ چشمی ندیده، هیچ گوشی نشنیده و در هیچ قلبی خطور نکرده است.» از ابوحنیفه نیز این جمله مشهور است که گفت: «از جعفر بن محمد، فقیه تر ندیدم.»
شیخ مفید در ارشاد می‏نویسد: علومی که از آن حضرت نقل کرده‏ اند به اندازه ‏ای است که ره توشه کاروانیان شد و نامش در همه جا انتشار یافت. دانشمندان در بین ائمه (ع) بیشترین نقل ها را از امام صادق روایت کرده ‏اند. هیچ یک از اهل آثار و راویان اخبار بدان اندازه که از آن حضرت بهره برده ‏اند، از دیگران سود نبرده ‏اند. محدثان نام راویان موثق آن حضرت را جمع کرده ‏اند که شماره آنها، با صرف نظر از اختلاف در عقیده و گفتار، به چهار هزار نفر می‏رسد.
بیشترین حجم روایات، احادیثی است که از امام صادق (ع) نقل شده است؛ اهمیت معارف منقول از جعفر بن محمد (ص) به میزانی است که شیعه به ایشان منسوب شده است: ”شیعه جعفری“. کمتر مسأله دینی (اْعم از اعتقادی، اخلاقی و فقهی) بدون رجوع به قول امام صادق (ع) قابل حل است. کثرت روایات منقول از امام صادق (ع) به دو دلیل است:
یکی این که از دیگر ائمه عمر بیشتری نصیب ایشان شد و ایشان با 65 سال عمر شیخ الائمه محسوب می شود (148 – 83 هجری)
امام با حسن استفاده از این فترت و ضعف قدرت سیاسی به بسط و اشاعه معارف دینی همت می گمارد.
اختلافات سیاسی بین امویان و عباسیان و تقسیم شدن اسلام به فرقه های مختلف و ظ هور عقاید مادی و نفوذ فلسفه یونان در کشورهای اسلامی ، موجب پیدایش یک نهضت علمی شد . نهضتی که پایه های آن بر حقایق مسلم استوار بود.
به وجود آمدن چنین نهضت علمی در محیط آشفته و تاریک آن عصر، کار هر کسی نبود؛ فقط کسی شایسته این مقام بزرگ بود که مأموریت الهی داشته باشد و از جانب خداوند پشتیبانی شود تا بتواند به نیروی الهام و پاکی نفس و تقوا وجود خود را به مبدأ غیب ارتباط دهد؛ حقایق علمی را از دریای بیکران علم الهی به دست آورد، و در دسترس استفاده گوهرشناسان حقیقت قرار دهد.
زمان امام صادق (ع ) در حقیقت عصر طلایی دانش و ترویج احکام و تربیت شاگردانی بود که هر یک مشعل نورانی علم را به گوشه و کنار بردند و در 'خودشناسی ' و 'خداشناسی ' مانند استاد بزرگ و امام بزرگوار خود در هدایت مردم کوشیدند.
در همین دوران درخشان - در برابر فلسفه یونان - کلام و حکمت اسلامی رشد کرد و فلاسفه و حکمای بزرگی در اسلام پرورش یافتند. همزمان با نهضت علمی و پیشرفت دانش بوسیله حضرت صادق (ع ) در مدینه ، منصور خلیفه عباسی از باب کینه و حسد ، به فکر ایجاد مکتب دیگری افتاد که هم بتواند در برابر مکتب جعفری استقلال علمی داشته باشد و هم مردم را سرگرم نماید و از خوشه چینی از محضر امام (ع) بازدارد. بدین جهت منصور مدرسه ای در محله 'کرخ ' بغداد تأسیس کرد.
امام صادق (ع ) مسائل فقهی و علمی و کلامی را که پراکنده بود، به صورت منظم درآورد و در هر رشته از علوم و فنون شاگردان زیادی تربیت فرمود که باعث گسترش معارف اسلامی در جهان شد. دانش گستری امام (ع ) در رشته های مختلف فقه ، فلسفه و کلام، علوم طبیعی و ... آغاز شد. فقه جعفری همان فقه محمدی یا دستورهای دینی است که از سوی خدا به پیغمبر بزرگوارش از طریق قرآن و وحی رسیده است.
در رشته فلسفه و حکمت حضرت صادق (ع) همیشه با اصحاب و حتی کسانی که از دین و اعتقاد به خدا دور بودند، مناظ راتی داشته است . مناظ رات امام صادق (ع ) با طبیب هندی که موضوع کتاب 'اهلیلجه ' است نیز نکات حکمت آموز بسیاری دارد که گوشه ای از دریای بیکران علم امام صادق (ع ) است .
سرانجام ایشان بر اثر توطئه های منصور عباسی در سال 148 هجری مسموم و در قبرستان بقیع در مدینه مدفون شد. عمر شریفش در این هنگام 65 سال بود. از جهت این که عمر بیشتری نصیب ایشان شده است به 'شیخ الائمه ' موسوم است .